Установка нескольких копий GISWebServiceSE

Добрый день. Спасибо за указание неточностей.
Вот обновлённый алгоритм действий.
Порядок действий при инсталляции нескольких копий продукта.
Для первой установки:
­ Проинсталлировать программу, указав папку для установки данных по умолчанию.
Для установки другой копии программы необходимо:
­ Остановить сервис (службу GIS Application Service).
­ Скопировать папку и файлы настроек c:\ProgramData\Panorama\giswebservicese\ и c:\ProgramData\Panorama\appservice\ в новое место, например c:\ProgramData\Panorama\old\giswebservicese\ и c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\
­ Дать права доступа на редактирование для администраторов сервиса для папок    c:\ProgramData\Panorama\old\giswebservicese\ и c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\
­ Скопировать папку и файлы исполняемых модулей из c:\Program Files\Panorama\GISWebServiceSE\ в новое место, например c:\Program Files\Panorama\ old\GISWebServiceSE\
­ Настроить в web – сервере новый URL адрес сервиса, например, giswebserviceseold, указав в нём новый путь до исполняемых модулей c:\Program Files\Panorama\GISWebServiceSE\old\giswebservicese\. Тогда вызов данных с сервиса будет производиться по ссылке localhost/giswebserviceseold/service.php
­ Сформировать файл c:\Program Files\Panorama\old\GISWebServiceSE\config.xml, если его нет с содержимым ниже

Например:
<?xml version="1.0"?>
<config>
<appdata path="C:\ProgramData\Panorama\old\" />
</config>


В файле параметров appservice.xml установить:
­ Новый путь для общей папки с классификаторами.
<Rsc Path="c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\CommonRsc\"/>
­ Путь к виртуальной папке.
<Folder Name="AppData" Path="c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\Data\" RoleName="GUESTS" MainRoleName="GUESTS" Update="0" Clean="0"/>
­ Путь к пользовательской папке.
<UserFolder Name="UserData" Path="c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\UserMaps\"  Time="300" RoleName="GUESTS" MainRoleName="GUESTS"/>
­ Изменить порт подключения и работы сервиса со стандартного на новый, например, (2098).
<Port Number="2098"/>
­ Путь к кэшу на ГИС Сервере
<GISServerCache Path="c:\ProgramData\Panorama\old\appservice\GISServer\"/>
­ Изменить адрес сервиса и пути к данным в файле настроек wmsparam.xml и порт подключения
<Port>2098</Port>
­ Запустить командную строку cmd
­ В командной строке перейти в папку сервиса c:\Program Files\Panorama\old\GISWebServiceSE\appservice\
­ Запустить и зарегистрировать сервис, командой appmanager64.exe -i “OLD GIS Application Service”.
­ Запустить ранее установленный сервис в списке служб

Да, на одной операционной системе можно установить несколько копий сервиса, работающих с одним ключом

В руководстве к версии линукс указано, что config.xml нужно в двух папках создавать, может оно?

Попробуйте удалить файл c:\ProgramData\Panorama\giswebservicese\admin\log\logpath.log и c:\ProgramData\Panorama\old\giswebservicese\admin\log\logpath.log