Посчитать объем между двумя поверхностями можно с помощью задачи "Расчет объемов земляных работ" (Задачи / Запуск приложений / Обработка матриц высот / Расчет объемов земляных работ). При этом по указанным поверхностям предварительно необходимо построить матрицы высот для расчета. Более подробно работа с задачей описана в "Помощи" к задаче.
Если есть две матрицы высот можно применить и второй вариант: 1. Прикладная задача "Сравнение матриц высот" обеспечивает вычитание одной матрицы из другой и получение разностной матрицы. 2. В задаче "Расчеты по карте", группа режимов "Матрица слоев" есть режим "Вычисление объема". Укажите в качестве исходной поверхности разностную матрицу и получите результат.