Повторить проблему не получается. Тогда от вас необходимо проделать следующее. Включить расширенный режим записи лога в сервисе. Параметры службы - Настройки службы - Изменить - Ведение журнала ошибок - Полная информация. Активировать расширенный режим записи лога и для ГИС Сервера. Информация - Печать диагностических сообщений - Печатать. Повторить Ваши процедуры удаления и нанесения объектов без перезапуска сервиса до возникновения ошибки с отображением объектов. Полученные логи сервиса appservice.log servicecore.log и ГИС Сервера выслать нам на почту.